Bazylikę wzniósł cesarz Konstantyn na początku IV w. W sto lat później papież Sykstus III wraz z córką cesarza Teodozjusza wzniósł drugą bazylikę. Obydwie bazyliki stanowiły dwie odrębne świątynie, które stykały się absydami. W XIII wieku Papież Honoriusz III kazał z dwóch kościołów zrobić jedną bazylikę. Stara Bazylika Konstantyna stanowiła prezbiterium nowej połączonej bazyliki.