Mianem kościoła B naukowcy określili jeden z nieistniejących dzisiaj kościołów, których relikty odnaleziono na Wzgórzu Wawelskim w Krakowie. Nie sposób dzisiaj ustalić jego wezwania. Znajdował się przy dziedzińcu zewnętrznym, pod zabudowaniami dzisiejszego budynku nr 5 (południowy ryzalit dawnych kuchni). Była to rotunda z dwiema naprzeciwległymi apsydami. Być może istniał też aneks i empora. Prawdopodobnie budowla ta powstała pod panowaniem czeskim. Pochówki wokół odkrytych fundamentów, pochodzące z tego samego okresu, wskazują, że był to kościół grodowy ("parafialny"), chyba najstarszy o takim charakterze na Wawelu. Został zniszczony prawdopodobnie w XIII w.