Wnętrze świątyni nawiązywało jeszcze do wzorców gotyckich i renesansowych. Nowością było jednak wprowadzenie transeptu pozornego, a więc transeptu znacznie krótszego niż w kościołach gotyckich. Kolejnymi różnicami było pojawienie się płytszego prezbiterium, zredukowanie naw bocznych do rzędów kaplic oraz zlikwidowanie (obecnych w gotyku) łuków tęczowych oddzielających prezbiterium od nawy głównej.