Znajduje się tu największa obecnie kolekcja sztuki etruskiej, której podstawą były zbiory medycejskie kompletowane od czasów renesansu (posąg Arringatore, Chimera z Arezzo, Minerwa z Arezzo) i systematycznie powiększane. W 1897 utworzono z części zbiorów Museo Topografico dell'Etruria, w którym eksponaty są grupowane w układzie topograficznym, całymi zespołami grobowymi. Najlepiej są reprezentowane ośrodki północnoetruskie i Etrurii Wewnętrznej (Vetulonia, Populonia, Marsigliana d'Albegna, Volterra, Chiusi, Perugia). W muzeum archeologicznym znajdują się również działy egipski i grecko-rzymski.